【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

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?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發現GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經過我的認真研究，發現跟R版本有關。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關的函數拿出來認真的研究了一下，終于發現的癥結所在。

dotplot這個函數，多了個 label_format 參數

我們來看看這個參數究竟是干什么用的，看看參數說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調節一下這個參數，把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語言可視化常用代碼

（供自己記錄）

adj位置調整

ask詢問

bg背景

bty圖形邊框風格，o四邊都有邊框，l左邊和下邊，7右邊和上邊，c上邊、左邊和下邊，

cex設置點和字符的大小，axis坐標軸上標簽字的大小，lab坐標軸上命名的大小，main標題的大小，sub副標題的大小，col顏色。

family字體的風格，

fg前景顏色

font圖片字體的風格，字體，粗體，斜體

las坐標軸的運行關系，坐標軸上的字和坐標軸的關系，字會轉

lend線的兩端的樣式

lty線的形式,直線、虛線

lwd線的粗細

Mai、mar、mex畫布的大小

Mfcol、mfrow是來切分畫布的，放幾個fig在畫布中，兩個功能一樣

pch是用來定義點的形狀的，有25個形狀

srt用來定義圖中的文字的角度

Txk坐標軸上的刻度的大小，刻度的字體大小

Xaxt/yaxt不想要坐標軸的標簽

Xlog/ylog是x軸和y軸設置為log值

Xpd把繪圖區設置為整個畫布

Fig表示圖形的四個角的位置

New是在圖中生成圖

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內示例數據的格式，對自己的數據做處理

觀察結論：

觀察自己的兩個數據表：

table.legend 設置為T時會顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

當前標題：r語言go分析可視化代碼,GO分析可視化
文章起源：http://vcdvsql.cn/article22/hedscc.html

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