生物學背景自學生物信息學,想做這方面的研究,從哪里

R語言也要學一下，因為搞生物信息學研究時必定要作圖的，總得來說，先把Perl學好吧，這個是最基本的工具。

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首先，確定你自己的背景專業，現在很多學校本科都沒有專門的生物信息學專業，都是掛靠在生命學院或者計算機學院的。所以背景專業一般都是生物學或計算機學，不同的專業將來做生信區別會很大。

我在的北大的生物醫學工程系里面有健康信息系統、醫學數據、計算生物學方向，和傳統的生信有一定的差別；真正做生信的人信息科學院有一撥，生命科學院還有一撥。不排除數學院也有理論研究專家。

學生物信息，paper肯定是要跟蹤的。這兩個網站可以經常看一下：[homologous](Homologus - Frontier in Bioinformatics) 覆蓋生物信息有趣的論文， 算法，以及生物科學問題。這個網站還匯集了很多生物信息領域科學家的博客。

生物信息學與以往的傳統生物學不同，它本身是一個混合體，而且在今天看來它應當還要包含現在的NGS和基因組學。我認為，它重在數據，因此在這個領域中比較重要的是數學和計算機——計算機我指的是：編程能力和算法設計能力。

腫瘤基因組學，分子流行病學和環境基因組學，成為系統生物學的重要研究方法。從發展不難看出，基因工程已經進入了后基因組時代。我們也有應對與生物信息學密切相關的如機器學習，和數學中可能存在的誤導有一個清楚的認識。

ATAC-seq專題---生信分析流程

1、ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個部分：數據質控、序列比對、峰檢測、motif分析、峰注釋、富集分析，下面將對各部分內容進行展開講解。 下機數據經過過濾去除接頭含量過高或低質量的reads，得到clean reads用于后續分析。

2、ChIP-Seq原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP） 特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段 ，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。ATAC-seq是 全基因組范圍 內，找出所有的OCR。

3、Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2)是一款用于檢測基因富集區域的軟件。盡管是為ChIP-seq設計的，但也適用于ATAC-seq測序及其他有小峰的基因組富集分析。MACS2軟件的主程序是callpeak。

4、染色質關閉：壓縮DNA 這個過程像我們將文件壓縮為zip或者rar的壓縮包，減少它的占用空間。染色質開放：解壓DNA 這個過程類似于我們要查看剛剛壓縮包里的文件，我們需要解壓后才能查看到文件里的內容。

5、生信分析流程構建的幾大流派 按照腳本語言流、Common Workflow language 語言流、Makefile流、配置文件流、Jupyter notebook和R markdown流等分為不同流派。

【Linux】生物信息軟件安裝過程

你需要先下載軟件，下載之后解壓，然后根據提示進行操作。

Linux下軟件安裝方法對于Linux初學者來說，安裝一個很小的軟件恐怕都是一件很讓人頭疼的事，因為在Linux下安裝軟件不像在 Windows中那樣簡單。

但是在Linux中，安裝應用軟件和Windows下有些不同哦。而且對于Linux初學者來說，安裝軟件是一件很讓人頭疼的事情。

生信為什么用linux

1、因為在學校的課程中學習Linux是為了給今后學習的嵌入式打基礎，所以對于我來說這些知識是遠遠不夠的。我覺得畢竟了解到學好Linux可以從事系統運維工作。

2、對于生信分析人員來說，日常工作，軟件運行，跑流程，均在linux下操作。當然，也有基于云端的生信分析平臺，如免費的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平臺。

3、因為LINUX的先天優勢導致嵌入式開發大多采用LINUX系統：開源，代碼開放，省去了自己編寫的麻煩，節約成本而且不會涉及到專利和產權糾紛。功能齊全，對于很多硬件設備都有豐富的驅動程序，只需要移植一下，不需要改動太多。

4、Windows是封裝，不開發源代碼的系統，不利于教學和研究，尤其是研究系統底層的東西，這對于計算機系學生來說是非常重要的，。而Linux是開放源代碼系統，非常適合研究學習用。Linux產生的目的就是為了這個。

5、沿著前面的軌跡，接下來是Linux中shell腳本的學習。這對于生信工程師后續處理大量 (海量更合適些) 數據是非常非常重要的，但是同樣的，作為一個有點古板的人，對于腳本是什么意思我都死磕了好久。

當前文章：生信Linux命令 linux生物信息學
本文地址：http://vcdvsql.cn/article26/dijeocg.html

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