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如何用gggenes畫基因結(jié)構(gòu)圖

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gggenes是一款基于ggplot2開發(fā)的R包，可以很方便的畫出下圖所示的基因結(jié)構(gòu)圖。
如何用gggenes畫基因結(jié)構(gòu)圖
1.安裝R包
直接從CRAN官方源來安裝：  
   
     
   
   
   install.packages("gggenes")

或者從github下載安裝：

devtools::install_github("wilkox/gggenes")

2. 準備輸入數(shù)據(jù)

官方給的例子如下：

> head(example_genes)  molecule gene  start    end  strand direction1  Genome5 genA 405113 407035 forward         12  Genome5 genB 407035 407916 forward         13  Genome5 genC 407927 408394 forward         14  Genome5 genD 408387 408737 reverse        -15  Genome5 genE 408751 409830 forward         16  Genome5 genF 409836 410315 forward         1

輸入數(shù)據(jù)應該包含6列，分別代表：

物種名    基因名    起始位置    結(jié)束位置    基因方向    基因方向

如果不需要考慮畫出基因方向的話，只需要前4列數(shù)據(jù)就行：物種名，基因名，起始位置，結(jié)束位置

如果加上基因方向，就需要加上 strand 這一列，正負鏈分用“forward”和“reverse”表示。示例數(shù)據(jù)中的 direction 這一列是多余的，并不會被用到。


2. 作圖

library(ggplot2)library(gggenes)
ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end,   y = molecule, fill = gene)) +  geom_gene_arrow() +  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +  theme_genes()

圖如下：

如何用gggenes畫基因結(jié)構(gòu)圖

可以看出來，使用的是我們熟悉的ggplot2語法，再加上  geom_gene_arrow()  函數(shù)來實現(xiàn)了基因結(jié)構(gòu)的作圖。

下面的我們加上方向，也加上基因名稱，代碼如下：

ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end,     y = molecule, fill = gene, label = gene, forward = direction)) +    geom_gene_arrow() +    facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +    scale_fill_brewer(palette = "Set3") +    theme_genes() +    geom_gene_label(align = "left")

如何用gggenes畫基因結(jié)構(gòu)圖

 label = gene, forward = direction  指定了基因名和基因方向

 geom_gene_label(align = "left")  在圖上添加了基因名并靠左對齊

3. 其他用法

如何用gggenes畫基因結(jié)構(gòu)圖

gggenes也可以如上圖所示展現(xiàn)基因結(jié)構(gòu)域特征或者比對信息，可以使用geom_subgene_arrow() 函數(shù)來實現(xiàn)，需要額外用到另一份數(shù)據(jù)example_subgenes，代碼如下：

> head(example_subgenes)  molecule gene  start    end  strand subgene   from     to1  Genome5 genA 405113 407035 forward  genA-1 405774 4065382  Genome5 genB 407035 407916 forward  genB-1 407458 4078973  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-1 407942 4081584  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-2 408186 4082095  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-3 408233 408257
ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +  geom_gene_arrow(fill = "white") +  geom_subgene_arrow(data = example_subgenes,    aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene,        xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +  theme_genes()

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標題名稱：如何用gggenes畫基因結(jié)構(gòu)圖
標題路徑：http://vcdvsql.cn/article28/gjdgjp.html

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