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如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖

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一 載入數據集和R包

利用各種生信工具得到富集分析結果，數據列可能不一致，但關鍵幾列都有。

library(ggplot2)data <- read.csv("GO_enrichment_significant.csv",header=TRUE)head(data)

如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖

二 對上述GO結果繪制基礎bar圖

參照之前ggplot2使用方法，更改geom即可繪制簡單的bar圖，按照GO_category分組顏色

ggplot(data=data, aes(x=GO_term,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) + geom_bar(stat="identity", width=0.8)

如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖

可看出和文獻中的差距較大，體現在以下幾個方面：

A：標題，坐標軸“業余”；

B：GO_category順序未按照輸入文件，相同GO_category沒在一起；

C：橫坐標label太長，重疊在一起。

三  “細節”調整GO結果bar圖

3.1 坐標軸調整策略

#將GO_term設定為factor即可按照順序輸出GO_term_order=factor(as.integer(rownames(data)),labels=data$GO_term)ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) + geom_bar(stat="identity", width=0.8) + coord_flip() +  xlab("GO term") + ylab("Num of Genes") + theme_bw()

如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖

好像有一點能看了，嘗試其他策略。

3.2 調整橫坐標label策略

將label調整成一定角度傾斜

COLS <- c("#66C3A5", "#8DA1CB", "#FD8D62")ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) +  geom_bar(stat="identity", width=0.8)  +   scale_fill_manual(values = COLS) + theme_bw()  +  xlab("GO term") + ylab("Num of Genes") + labs(title = "The Most Enriched GO Terms")+ theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))

如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖

嗯 ，標簽太長溢出，采取保留GO-term的前三個單詞（可以其他策略）后面...代替，可以excel或者R function 解決。

3.3 調整label長度后繪圖

GO_term_order=factor(as.integer(rownames(data)),labels=labels)COLS <- c("#66C3A5", "#8DA1CB", "#FD8D62")ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) +  geom_bar(stat="identity", width=0.8)  +   scale_fill_manual(values = COLS) + theme_bw() +  xlab("GO term") + ylab("Num of Genes") + labs(title = "The Most Enriched GO Terms")+ theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))

如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖

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網站鏈接：http://vcdvsql.cn/article30/jhgdso.html

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