這篇文章將為大家詳細講解有關exoRBase數據庫怎么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

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exosome翻譯為外泌體,是由細胞分泌的一種直徑在30-150nm之間的囊泡，屬于細胞外囊泡的一種，含有不同種類的RNA,可以調節受體細胞的行為，并且可以作為疾病的循環生物標記物，在血液，唾液，尿液等多種體液中都廣泛存在。

exoRBase是一個人類血液外泌體中RNA的數據庫，網址如下

http://www.exorbase.org/

從GEO數據庫中收集血液外泌體的轉錄組測序數據，共收集了來自6個實驗共87個樣本的數據，每組實驗的樣本類型都不同，

1. normal persons(NP)

2. coronary heart disease(CHD)

3. colorectal cancer(CRC)

4. hepatocellular carcinoma(HCC)

5. pancreatic adenocarcinoma(PAAD)

6. breast cancer(BC)

另外，又補充了5個人類全血樣本，不同類型樣本的數量匯總如下

對于這92個樣本的數據，采用如下所示的pipeline分析其中的RNA

對于測序的原始數據，首先采用trimmomatic軟件去除adapter和低質量序列，然后用hisat2將clean reads比對hg38基因組，采用featurecounts軟件對mRNA和lncRNA進行定量，采用TPM來歸一化表達量。

對于circRNA,采用ACFs和find_circ兩款軟件同時預測，取兩個結果的交集作為最終結果，定量時采用RPM來歸一化表達量。

在以上分析結果的基礎上，又通過在pubmed數據庫中檢索外泌體RNA相關文獻，新增了部分RNA數據，所有來源的RNA數量匯總如下

對于mRNA和lncRNA, 結合GTEx項目中的不同組織的表達譜數據，計算了其組織特異性。

通過導航欄的Browse菜單，可以查看外泌體中的各種RNA信息，示意如下

通過導航欄的Search菜單，可以方便的檢索該數據庫，示意如下

該數據庫針對外泌體中的RNA進行研究，其構建的思路值得借鑒。

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文章標題：exoRBase數據庫怎么用
標題鏈接：http://vcdvsql.cn/article6/jhggig.html

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