R語言處理PCR數據，一步畫柱狀圖、添加顯著性標志并實現截斷

PCR數據要有三列，一列是組名，一列是內參基因的CT值，一列是目的基因的CT值，計算方法是-2 ??Ct 法，實現一步出圖用的是 ggpubr ，實現截斷則是Y叔出手的 ggbreak

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以前很少有包可以完美實現這個功能，我以前寫過 R做截斷柱狀圖并加顯著性統計 可以實現，但Y叔出手寫了個 ggbreak 包，完美的就解決了

其實還有一個 pcr 的包也能簡單實現，而且自動計算mRNA相對表達定量，而且對照組定量是1，更加科學，但是表格只是兩列CT值，還要重新定義組，所以要先提取一下表格，處理一下數據。

也可以截斷，還是 ggbreak

【R語言】--- 分組柱狀圖

分組柱狀圖，又叫聚合柱狀圖。當需要在同一個軸上顯示各個分類下不同的分組時，需要用到分組柱狀圖，是學術論文中常用的圖。每個分組中的柱子使用不同的顏色或者相同顏色不同透明的方式區別各個分類，各個分組之間需要保持間隔。

利用ggplot2包進行繪制，這里不贅述。

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R語言繪圖（ggplot2、ggpubr）從入門到精通04--柱狀圖美化之調色

本系列課程要求大家有一定的R語言基礎，對于完全零基礎的同學，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎教程》。本課程將從最基本的繪圖開始講解，深入淺出的帶大家理解和運用強大而靈活的ggplot2包。內容包括如何利用ggplot2繪制散點圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標軸和圖例等。

本次課程所用的配套書籍是： 《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本圖形外，師兄還會給大家講解箱線圖、提琴圖、熱圖、火山圖、氣泡圖、桑基圖、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學起來吧！

柱狀圖可能是最常用的一種數據可視化。它們通常用于顯示數值(在y軸上)，用于顯示不同類別的數值(在x軸上)。例如，柱狀圖可以用來顯示四種不同商品的價格。柱狀圖通常不適合顯示一段時間內的價格，因為時間是一個連續的變量。

在制作柱狀圖時，您應該注意一個重要的區別:柱狀圖的高度有時表示數據集中的案例數，有時表示數據集中的值。記住這一區別——這可能會引起混淆，因為它們與數據的關系非常不同，但兩者使用相同的術語。

拓展： position參數： 此處的position主要是指對圖像的微調，最常見的應用是在分組的柱形圖（bar）中，因為分組的柱形圖會產生組內堆積和不堆積兩種主要效果。

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發現GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經過我的認真研究，發現跟R版本有關。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關的函數拿出來認真的研究了一下，終于發現的癥結所在。

dotplot這個函數，多了個 label_format 參數

我們來看看這個參數究竟是干什么用的，看看參數說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調節一下這個參數，把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

分享名稱：R語言GO柱狀圖改色,用R軟件做Go分析柱狀圖
標題URL：http://vcdvsql.cn/article22/hshcjc.html

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