這篇文章將為大家詳細講解有關(guān)lncRNASNP數(shù)據(jù)庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

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lncRNASNP數(shù)據(jù)庫收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位點信息，通過以下兩種思路將lncRNA與SNP結(jié)合起來

1. 探究SNP位點對于lncRNA結(jié)構(gòu)的影響

2. 分析SNP位點對于lncRNA與miRNA結(jié)合的影響

除此之外，還提供了lncRNA,SNP在TCGA數(shù)據(jù)庫中的相關(guān)信息，比如lncRNA在各種腫瘤中的表達譜，SNP位點在各種疾病中的突變情況。該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2

對于一個lncRNA, 包含了以下幾種信息

1. 基本信息

2.  位于lncRNA上的SNP位點

包含以下3種來源的SNP位點

1. dbsnp

2. TCGA

3. Cosmic

以dbsnp數(shù)據(jù)庫為例，結(jié)果示意如下

3. lncRNA相關(guān)疾病

包含lncDisease數(shù)據(jù)庫中提供的實驗證據(jù)支持的相關(guān)疾病和使用TAM軟件預(yù)測的信息，示意如下

4. lncRNA與miRNA結(jié)合位點信息

采用軟件預(yù)測lncRNA與miRNA結(jié)合區(qū)域信息，一個lncRNA會存在多個miRNA結(jié)合位點，示意如下

點擊每個miRNA，可以看到軟件預(yù)測的詳細結(jié)果

采用了Pita, MiRanda, TargetScan3款軟件進行預(yù)測。

4. SNP位點對lncRNA-miRNA結(jié)合的影響

包括以下兩種影響

1. gain

2. loss

gain指的是原本lncRNA與miRNA沒有結(jié)合位點，突變之后的lncRNA與miRNA存在結(jié)合位點，loss則與之相反，示意如下

5. lncRNA在TCGA數(shù)據(jù)庫中的表達譜

采用柱狀圖的形式展示在不同腫瘤中的表達譜數(shù)據(jù)，示意如下

官網(wǎng)還提供了在線工具，可以分析突變位點對于lncRNA-miRNA結(jié)合的影響以及SNP對于lncRNA二級結(jié)構(gòu)的影響，如下所述

1. 突變位點對lncRNA-miRNA結(jié)合的影響

只需要輸入lncRNA的野生型序列和突變型序列，采用上述的3種軟件預(yù)測miRNA與兩種序列的結(jié)合位點，從而分析突變對于lncRNA-miRNA結(jié)合的影響，示意如下

2. SNP對于lncRNA二級結(jié)構(gòu)的影響

采用RNAsnp軟件預(yù)測snp位點對于lncRNA二級結(jié)構(gòu)的影響，示意如下

官網(wǎng)還提供了很多的功能，具體用法請移步官網(wǎng)自行探究。

關(guān)于“l(fā)ncRNASNP數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，使各位可以學(xué)到更多知識，如果覺得文章不錯，請把它分享出去讓更多的人看到。

新聞名稱：lncRNASNP數(shù)據(jù)庫有什么用
網(wǎng)頁路徑：http://vcdvsql.cn/article48/gjiiep.html

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